Ян Бокщанин родился в Астрахани. Обучение искусству игры на органе начал в 15-летнем возрасте в Варшаве в классе профессора М.Чайки. В течение 1990-1995 гг. он принимал участие в мастер-классах профессоров Г.Бове (Швейцария), Х.Вульфа, Х.Фогеля, Л.Ломана (Германия), Дж.Кристи (США), А.Фисейского (Россия), Ю.Гембальского (Польша), в летних мастер-классах на фестивале в Бад Хамбурге (Германия) и выступал с концертами в Польше, Дании, Финляндии, США, Литве, России. С 1996 по 2000 год Ян Бокщанин - студент Академии музыки им. Ф.Шопена в Варшаве (класс органа профессора Й.Грубиха). На протяжении 2002 – 2003 годов Я.Бокщанин организовал Международный летний фестиваль органной и камерной музыки в Дентоне. С 2004 года Ян Бокщанин является художественным руководителем музыкального фестиваля органной и камерной музыки в Легионово.
Ян Бокщанин имеет многочисленные записи на радио и телевидении, в частности, записи произведений современного польского композитора Марианна Сава, одна из которых («Dies Irae», 1999) была удостоена первой премии на XV Международном фестивале «Непокаланув – 2000».
Ян Бокщанин – автор книги под названием «История и традиция российской органной музыки», опубликованной в ноябре 2001 года.
